北京大學腫瘤醫院南院區 (北京南郊腫瘤醫院)是一所全面依托北京大學腫瘤醫院，秉承總院“建設患者首選的國際化腫瘤中心”的建院理念而成立的現代化腫瘤專科醫院,是北京市基本醫療保險定點單位、新農合定點醫療單位。開設綜合腫瘤內科（消化腫瘤內科、淋巴瘤內科、腎黑、呼吸腫瘤內科）、胃腸腫瘤外科、綜合腫瘤外科（骨、泌尿、甲狀腺腫瘤）、婦科、中醫科、腫瘤介入治療科等專業。
      2013年由北京市醫院管理局批復北京大學腫瘤醫院與北京南郊腫瘤醫院開展技術合作，即北京大學腫瘤醫院指導和管理我院的醫療業務，派駐各學科專家在南院區定期出診、實時會診;派駐醫護人員在南院區核心崗位任職；實現在專家團隊、診療方案、技術水平、服務價格、醫療管理等方面的全面接軌，確保為患者提供科學、規范、一流的診療服務。
      北京大學腫瘤醫院防癌篩查中心設立在南院區，以“早發現、早診斷、早治療”為使命，依托北京大學腫瘤醫院享譽國際的專家團隊、多學科聯合診療（MDT）優勢，建設國內專業、系統、高端的腫瘤健康管理中心，真誠、專業地為各類人群提供優質的服務。腫瘤篩查主要針對國內常見高發腫瘤，包括胃癌、大腸癌、肺癌、肝癌、胰腺癌、乳腺癌、宮頸癌等，同時對部分癌前病變進行處理，避免腫瘤的發生。我院將充分利用先進的醫療設備和各科專家聯合會診的優勢條件，為廣大群眾提供優質的腫瘤篩查服務。我中心將為篩查中發現問題的篩查者提供專家預約服務，并安排隨后系統診治的綠色通道。