北京航空航天大學醫院是在北京市衛生局登記注冊的正式名稱，對內俗稱校醫院，是1959年2月由原來的衛生科擴建為醫院的。1988年由北京市衛生局（88）京衛醫字第958號文件批準為高校系統區級醫院。1996年由北京市衛生局核發《醫療機構執業許可證》。1999年由海淀區衛生局批準為一級甲等醫院。2000年10月由北京市勞動和社會保障局、北京市衛生局批準為醫療保險改革首批定點醫院（北京市政府文件公布的醫療保險改革首批定點醫院中，高校校醫院中只有北京大學校醫院和北航校醫院兩家）。2001年由北京市衛生局批準為北航社區衛生服務中心。2001年在首都創建文明行業活動中被評為《規范化服務達標》醫院。同年還由北京市衛生局批準為非政府辦非盈利性醫院。至此，校醫院已具備所有應該有的標牌，為今后全校師生員工及居民醫療衛生服務工作奠定了良好基礎。
       醫院位于大學院內西南側，占地10000平方米，主要建筑為“工”字形二層結構，前樓主要用作門診，后樓主要用作病房，醫院全部建筑面積3400多平方米。設有床位60張，共有固定資產原值810多萬元，其中器材設備原值340多萬元。流動資金120萬元。
      
      現有正式在編職工65人。其中有衛生系列專業技術職稱的61人，占94%。具有**職稱者18人（副主任醫師17人；副主任藥師1人）；中級職稱36人（主治醫師8人；主管護師15人；主管技師4人；主管藥師5人；主管麻醉師1人）；醫師2人；護師6人。
      
      醫院編制七個科：分內科、外科、預防保健及計劃生育辦公室、護理部、藥劑科、輔助科、辦公室。共有正副科主任10人。
      
      還有中醫、兒科、婦科、五官、口腔、針灸理療、急診室、放射科、B超室、心電圖室、化驗室、生化室、供應室、手術室、換藥室等。
      
      護理部分為注射室、靜脈點滴室、換藥室、供應室、手術室；辦公室下設掛號室、會計室、收費室、污水處理站、洗衣房、太平間等工作室。
      
      門診還設有急診值班室，每天24小時有醫師和護士輪流值班及隨時出診，上門為急診患者服務。
      
      醫院還設有社區服務部，派出全科醫師及護師開展社區服務工作，建立家庭病床，上門出診、輸液等為居民服務。
      
      醫院還設有住院病房，分內科病房，外科病房。可收治內、外科常見病患者。
      
      醫院實行院長負責制，現有正、副院長三人。